doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2024

• Fotoaktivovatelný substrát na bázi azobenzenu pro halogenalkandehalogenázy

  SLÁNSKÁ Michaela ŠTACKOVÁ Lenka MARQUES Sérgio Manuel ŠTACKO P. MARTÍNEK Marek JÍLEK Luboš TOUL Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David KLÁN Petr PROKOP Zbyněk

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era

  ŠPAČKOVÁ Anna VÁVRA Ondřej RAČEK Tomáš BAZGIER Václav SEHNAL David DAMBORSKÝ Jiří SVOBODOVÁ Radka BEDNÁŘ David BERKA Karel

  Article in Periodical

  Nucleic Acids Research, year: 2024, volume: 52, edition: D1, DOI

• IDENTIFICATION OF NOVEL CYTOKININS BY MOLECULAR DOCKING

  PUSHKAROVA Nadiia HENNELOVA Jana MARQUES Sérgio Manuel BEDNÁŘ David PARUCH Kamil AKAVARAM Naresh SPICHAL L. DAMBORSKÝ Jiří YEMETS A. HEJÁTKO Jan

  Conference abstract

  Year: 2024, type: Conference abstract

• InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data

  SCHÄFER Marco BRICH Nicolas BYŠKA Jan MARQUES Sérgio Manuel BEDNÁŘ David THIEL Philipp KOZLÍKOVÁ Barbora KRONE Michael

  Article in Periodical

  IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, year: 2024, volume: 30, edition: 4, DOI

• Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení

  HADDADI Faraneh VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David MAZURENKO Stanislav DAMBORSKÝ Jiří

  Software

  Year: 2024

• Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes

  VÁVRA Ondřej TYZACK J. HADDADI Faraneh DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav THORNTON J.M. BEDNÁŘ David

  Article in Periodical

  Journal of Cheminformatics, year: 2024, volume: 16, edition: 1, DOI

• PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning

  ŠTOURAČ Jan BORKO Simeon KHAN Rayyan Tariq POKORNÁ Petra DOBIÁŠ Adam PLANAS IGLESIAS Joan MAZURENKO Stanislav RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar SZOTKOWSKÁ Veronika ŠTĚRBA Jaroslav SLABÝ Ondřej DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Article in Periodical

  Briefings in Bioinformatics, year: 2024, volume: 25, edition: 1, DOI

• Successor Sequence Predictor (SSP)

  KHAN Rayyan Tariq KOHOUT Pavel MUSIL Miloš ROSÍNSKÁ Monika DAMBORSKÝ Jiří MAZURENKO Stanislav BEDNÁŘ David VILÍM Jan

  Software

  Year: 2024

• Upravená dehalogenáza LinB116 se zlepšenou termostabilitou

  HAVLÁSEK Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Outcomes put into operation (prototype, working sample)

  Year: 2024

• Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů

  KOHOUT Pavel DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Software

  Year: 2024