Projekt se zaměřuje na výzkum ekologických a evolučních zákonitostí, procesů a vztahů prostřednictvím studia modelových organizmů a systémů. Takto zaměřený vědecký výzkum je tématem valné většiny doktorských prací na Ústavu botaniky a zoologie, na jehož dlouhodobé odborné zaměření je projekt úzce navázán. Řešitelský tým navrhovaného projektu zahrnuje 7 akademických pracovníků (školitelů doktorských prací) a 15 studentů doktorského studijního programu specializací Parazitologie, Hydrobiologie a Zoologie. Projekt je orientován především na základní ekologický a evolučně-biologický výzkum biotických systémů, jehož výstupy přispějí k pochopení obecných biologických mechanismů a procesů, ale mají také přesah do aplikované sféry. To se týká zejména výzkumu z oblasti veterinární parazitologie a epidemiologie parazitů a aplikované hydrobiologie. K hlavním tématům, která jsou detailně studována v rámci navrhovaného projektu, patří: (1) ekologické faktory a evoluční procesy formující strukturu společenstev parazitů obratlovců, (2) fylogenetické vztahy parazitů ve vztahu k historické biogeografii hostitelů a hostitelské specifitě, (3) determinanty populační struktury parazitů, (4) ekologie a epidemiologie parazitických hlístic a dopad parazitárních infekcí na různé hostitele, se zvláštním důrazem na primáty, (5) nepůvodní druhy jako zdroj exotických patogenů, (6) koevoluce a rozmnožovací systémy u modelových vodních organismů a (7) ekologie společenstev vodních organismů v souvislosti s dopady antropických vlivů. Uvedená výzkumná témata jsou studována moderními metodickými přístupy, včetně pokročilých molekulárních, fylogenetických a ekologických analýz, a kombinují terénní, laboratorní a experimentální výzkum. Výstupy projektu zahrnují vědecké publikace a prezentace na mezinárodních konferencích a odborných fórech.

Publications