Project information
Disposition, distribution, and processing of DNA lesions in the genome of Arabidopsis thaliana plants defective in DNA repair and nucleosome assembly
- Project Identification
- GA23-06643S
- Project Period
- 1/2023 - 12/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
Institute of Biophysics
- Responsible person Mgr. Vratislav Peška, Ph.D.
Rostliny A.thaliana postrádající histonový chaperon Chromatin assembly factor 1 (fas1 and fas2 mutanty) vykazují známky nestability genomu, např. hromadění DNA lézí, ztrátu repetic a tandemové duplikace genů. Naše nedávná studie ukázala, že k potlačení ztráty repetic u fas1 rostlin dochází při absenci ATM kinázy ve fas1atm mutantní linii. Protože ATM představuje klíčový regulační protein při opravách dvouřetězcových DNA zlomů (DSBs), vedoucí ke ztrátě repetic, zůstává otázkou, jak často je tento typ lézí formován ve fas1atm rostlinách a zda DSB představují primární typ poškození ve fas1. Není také zcela jasné, jakým způsoben jsou léze ve fas1 a fas1atm rozpoznány a opravovány. V tomto projektu využijeme přístupů DNA damage-seq k odhalení genomové distribuce DNA lézí a objasníme dopad jednotlivých reparačních drah při zpracování poškození DNA pomocí in vivo mikroskopie. Cílem v širším měřítku je prozkoumat klíčové otázky zabývající se odolností rostlinných systémů vůči vnějším a vnitřním genotoxickým zdrojům, a to za využití rostlin defektních v opravných mechanizmech DNA.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 3
2024
-
Histone Chaperone Deficiency in Arabidopsis Plants Triggers Adaptive Epigenetic Changes in Histone Variants and Modifications
-
In-section Click-iT detection and super-resolution CLEM analysis of nucleolar ultrastructure and replication in plants
Nature Communications, year: 2024, volume: 15, edition: 1, DOI
2023
-
Telomerase RNA gene paralogs in plants - the usual pathway to unusual telomeres
New Phytologist, year: 2023, volume: 239, edition: 6, DOI