Project information
Proteogenomics classification of triple negative breast cancer for prognosis and targeted therapy
- Project Identification
- NU22-08-00230
- Project Period
- 5/2022 - 12/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- Ministry of Health Research Programme 2020 - 2026
- Subprogram 1 - standard
- MU Faculty or unit
-
Faculty of Science
- doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
- Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D.
- Mgr. Lucia Janáčová, Ph.D.
- Mgr. Kateřina Jílková
- Other MU Faculty/Unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
Masaryk Memorial Cancer Institute Brno
- Responsible person Doc. Mgr. Roman Hrstka, Ph.D.
Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) představují z pohledu stávající klasifikace nádorů prsu (BC) na základě statusu hormonálních a Her2 receptorů homogenní skupinu primárně léčenou pomocí chemoterapie. Z hlediska klasifikace na základě profilů genové exprese se však jedná o molekulárně heterogenní subtyp, který lze dle různých studií rozdělit na více podtypů - nejčastěji jsou popisovány podtypy jako “basal-like“, “luminal androgen receptor“, “mesenchymal-like“ a “immunomodulatory“. Nejvyšší heterogenitu TNBC v rámci BC subtypů potvrzují i naše publikovaná pilotní proteomická data z 16 TNBC vzorků, detailní klasifikace na základě proteomových profilů (proteotypů) však nebyla dosud popsána. V rámci projektu máme připraven detailně charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů ve formě zmražené tkáně, dalších 146 tumorů je k dispozici ve formě parafinových bloků pro validaci. Pilotní proteomická data získaná metodou DIA-MS ukazují kvantifikovatelnost více než 7000 proteinů v každém vzorku, což představuje celosvětově nejvyšší pokrytí proteomu u BC studií. V rámci projektu bude soubor TNBC nádorů (i) klasifikován do podtypů na základě proteotypů, (ii) budou charakterizovány rozdíly v klasifikaci na základě transkriptomických (RNA-Seq) a proteomických profilů, přičemž budou identifikovány genové produkty specifické pro proteinovou úroveň, a (iii) bude analyzován vliv somatických mutací na hladiny klíčových proteinů identifikovaných v proteotypech. Cílem bude nalézt proteiny, molekulární dráhy a mutace, které jsou rozhodující pro zařazení TNBC nádorů do molekulárních podtypů na základě proteotypů, které souvisí s terapeutickou odpovědí, přežitím pacientů a které by mohly sloužit jako cíle stratifikované biologické léčby TNBC. Úloha klíčových proteinů bude funkčně studována na buněčných modelech. Na základě proteogenomické analýzy budou identifikovány pacientky vhodné pro specifické typy dostupné cílené léčby, u nichž lze v blízké
budoucnosti očekávat vstup do klinické praxe.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 9
2024
-
A hybrid DDA/DIA-PASEF based assay library for a deep proteotyping of triple-negative breast cancer
Scientific Data, year: 2024, volume: 11, edition: 1, DOI
-
Comparison of phosphopeptide enrichment and LC-MS/MS acquisition methods to study cancer phosphoproteome
Year: 2024, type: Conference abstract
-
Global interactome mapping reveals pro-tumorigenic interactions of NF-κB in breast cancer
Molecular and Cellular Proteomics, year: 2024, volume: 23, edition: 4, DOI
2023
-
Catechol-O-methyl transferase suppresses cell invasion and interplays with MET signaling in estrogen dependent breast cancer
Scientific Reports, year: 2023, volume: 13, edition: 1, DOI
-
Desmocollin-1 is associated with pro-metastatic phenotype of luminal A breast cancer cells and is modulated by parthenolide
Cellular & Molecular Biology Letters, year: 2023, volume: 28, edition: 1, DOI
-
Library-based vs. library-free: a comprehensive DDA/diaPASEF hybrid assay library from triple-negative breast tumors for quantitative DIA data extraction in Spectronaut and DIA-NN
Year: 2023, type: Conference abstract
-
Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy
Year: 2023, type: Conference abstract
2022
-
Biomarker Dynamics and Long-Term Treatment Outcomes in Breast Cancer Patients with Residual Cancer Burden after Neoadjuvant Therapy
Diagnostics, year: 2022, volume: 12, edition: 7, DOI
-
Global SEC-PCP-SILAC mapping reveals protein complexes mediating NF-κB activation in breast cancer
Year: 2022, type: Conference abstract