Project information
Identifikace a optimalizace nových úseků jaderné DNA pro fylogenetickou analýzu plicnatých plžů na druhové úrovni
- Project Identification
- GA22-23005S
- Project Period
- 1/2022 - 12/2024
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
Cílem tohoto projektu je zavedení nové strategie vyhledávání úseků jaderné DNA pro taxonomickou revizi suchozemských plžů, druhé nejpočetnější skupiny terestrických bezobratlých, na druhové úrovni. Markery budou identifikovány pomocí vyhledávání Ultra Conserved Elements (UCEs), které ohraničují některé introny nebo jiné nekódující sekvence. Tento postup jsme použili pro nalezení, návrh univerzálních primerů, amplifikaci produktu, získání a přiložení sekvence intronu 8 genu ELAV. Tento region poskytl stejné množství fylogenetické informace jako dva dříve používané jaderné markery, avšak bez problémů spojených s nežádoucími vícečetnými kopiemi, navíc při poloviční délce fragmentu. Tento postup budeme opakovat nejméně 24-36krát. Vývoj sady jaderných markerů pro druhové rozlišení umožní taxonomům suchozemských plžů po celém světě finančně dostupným způsobem empiricky konfrontovat taxonomické hypotézy. Publikace tohoto obecného schématu jej umožní aplikovat při detekci druhově specifického signálu také u ostatních skupin organizmů.
Publications
Total number of publications: 2
2024
-
Diversification over deep and shallow temporal scales in the Holarctic genus Perpolita (Gastropoda: Gastrodontidae)
Zoological Journal of the Linnean Society, year: 2024, volume: 201, edition: 3, DOI
2023
-
ELAV Intron 8: a single-copy sequence marker for shallow to deep phylogeny in Eupulmonata Hasprunar & Huber, 1990 and Hygrophila Ferussac, 1822 (Gastropoda: Mollusca)
Organisms Diversity and Evolution, year: 2023, volume: 23, edition: 3, DOI