Project information
Multidisciplinární přístup k návrhu léčiv - Inhibice proteinů s návazností na sacharidy
(MADICA)
- Project Identification
- LH13055
- Project Period
- 3/2013 - 12/2015
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Education, Youth and Sports of the CR
- KONTAKT II
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
Existuje několik možných přístupů k drug designu. Velmi častou cílovou látkou jsou enzymy, ale může to být také nukleová kyselina či dokonce ribosom. Mezi nové typy léčiv patří také ta, která jsou založena na napodobení molekul sacharidů. Cílem jsou dvě skupiny proteinů uplatňujících se v infekčních a nádorových onemocněních, a to mono a oligosacharidy rozpoznávající proteiny (lektiny z patogenů) a enzymy oligosacharidy syntetizující (patogenní a lidské glykosytransferasy). Smysl a síla česko-americké spolupráce spočívá v kombinaci komplementární expertízy české strany v oblasti glykobiochemie a výpočetní chemie a americké strany v obecné oblasti návrhu léčiv.
Publications
Total number of publications: 24
2016
-
The GlcNAc-TV Glycosyltransferase Homology Model Strucutre
Year: 2016, type: Conference abstract
-
Three-dimensional homology model of GlcNAc-TV glycosyltransferase
Glycobiology, year: 2016, volume: 26, edition: 7, DOI
2015
-
Exploring Reaction Pathways for O-GlcNAc Transferase Catalysis. A String Method Study
Journal of Physical Chemistry B, year: 2015, volume: 119, edition: 12, DOI
-
How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction?
Journal of Chemical Information and Modeling, year: 2015, volume: 55, edition: 6, DOI
-
PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank
Nucleic Acids Research, year: 2015, volume: 43, edition: W1, DOI
-
Structural insights into Aspergillus fumigatus lectin specificity: AFL binding sites are functionally non-equivalent
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY, year: 2015, volume: 71, edition: March, DOI
-
ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank
Nucleic Acids Research, year: 2015, volume: 43, edition: D1, DOI
2014
-
Ab Initio QM/MM molecular dynamics simulations of glycosyltransferases
Year: 2014, type: Conference abstract
-
Catalytic Mechanism of the ppGalNAcT2 Retaining Glycosyltransferase Inferred From QM/MM Calculations
Year: 2014, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Combined QM/MM MERP and PES calculations on retaining glycosyltransferase ppGalNAcT2
Year: 2014, type: Conference abstract