Project information
Mapování výskytu makrolidové rezistence původce syfilis v ČR a molekulární typizace jednotlivých syfilitických kmenů
- Project Identification
- NT11159
- Project Period
- 9/2010 - 12/2014
- Investor / Pogramme / Project type
-
Ministry of Health of the CR
- MU Faculty or unit
- Faculty of Medicine
- Cooperating Organization
-
National Institute of Public Health Prague 10 - Vinohrady
- Responsible person Ing. Jana Kalinová, Ph.D.
Celogenomová sekvenace několika kmenů Treponema pallidum (TP, t.j. kmenů
Nichols, SS14, Mexico A a DAL-1) umožnila vývoj vysoce specifické PCR
diagnostiky TP. PCR detekce treponemální DNA umožňuje identifikovat
kmenově specifické genomové sekvence a také geneticky vyšetřovat citlivost
na některá antibiotika. Cílem projektu je sběr klinických vzorků z ČR a to
zejména anogenitálních stěrů a vzorků plné krve. Z těchto vzorků budeme
izolovat treponemální DNA, kterou budeme po amplifikaci sekvenovat (ve
variabilních chromosomálních lokusech). Navíc budeme molekulárně
biologicky určovat rezistenci k makrolidovým antibiotikům a klindamycinu.
Sekvence získané z různých izolátů TP budou srovnány a profil
jednonukleotidových záměn, delecí a inzercí bude využit pro shlukovací
analýzu treponemálních izolátů a pro epidemiologické účely. Dále budeme
vyvíjet rychlejší a levnější diagnostické testy pro molekulární typizaci
původce syfilis.
Publications
Total number of publications: 24
2011
-
Molecular detection and typing of Treponema pallidum ssp. pallidum in clinical samples based on sequencing of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes.
Year: 2011, type: Conference abstract
-
Molecular detection of Treponema pallidum ssp. pallidum in clinical samples: sequencing of TP0136, TP0548 and 23S rRNA genes.
Year: 2011, type: Conference abstract
-
Molekulární detekce, kmenová typizace a stanovení makrolidové rezistence původce syfilis – Treponema pallidum subsp. pallidum v klinickém materiálu.
Year: 2011, type: Conference abstract
-
Whole Genome Analyses of Treponemes: New Targets for Strain- and Subspecies- Specific Molecular Diagnostics
Syphilis - Recognition, Description and Diagnosis, year: 2011, number of pages: 16 s.