Informace o projektu
Analýza a vzorkování molekulárních simulací pomocí kontradiktorních autokodérů
- Kód projektu
- GA22-29667S
- Období řešení
- 1/2022 - 12/2024
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Ústav výpočetní techniky
- Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
- Mgr. Martin Kurečka
- Mgr. Vladimír Višňovský
- Spolupracující organizace
-
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
- Odpovědná osoba prof. Ing. Vojtěch Spiwok, Ph.D.
Podstatné zrychlení molekulárních simulací by umožnilo jejich větší zapojení do projektů vývoje
nových léčiv nebo designu proteinů. V současnosti používané algoritmy jsou pomalé kvůli
vysokým energetickým barierám mezi různými stavy systému a z důvodů nutnosti použít krátké
simulační kroky. Cílem projektu je přispět k řešení tohoto problému s použitím umělých
neuronových sítí, konkrétně algoritmu kontradiktorních autokodérů. Tento algoritmus bude
použit pro analýzu simulačních trajektorií (redukce dimenze). Následně bude použit ve spojení
s metadynamikou pro usnadnění překonávání energetických bariér a výpočet profilu volné
energie. Nakonec bude tento algoritmus použit pro vzorkování stavů simulovaného systému s řádově větší efektivitou (větším krokem), než v případě konvenčních simulací.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 1
2022
-
Collective Variable for Metadynamics Derived From AlphaFold Output
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES, rok: 2022, ročník: 2022, vydání: 9, DOI