Informace o projektu
Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázních jáder
(transpozony)
- Kód projektu
- GA21-00580S
- Období řešení
- 1/2021 - 7/2025
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Spolupracující organizace
-
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
- Odpovědná osoba Ing. Pavel Jedlička, Ph.D.
Transpozony (transponovatelné elementy) představují významnou část rostlinných genomů, avšak jejich evoluční dynamika a vliv na fungování buňky stále zůstávají do značné míry nepochopeny. V rámci navrhovaného projektu budeme pomocí bioinformatických nástrojů i experimentálně studovat různé aspekty života transpozonů v rostlinných genomech - jejich věk, vlny amplifikací, strukturní rysy, inzerční preference, rozsah jejich genové konverze a ektopické rekombinace stejně jako vliv těchto procesů na genom. Množství a lokalizaci centromerických LTR retrotranspozonů u holocentrických chromozomů (celý chromozom funguje jako centroméra) porovnáme s příbuznými monocentrickými druhy. Pomocí moderní metody Hi-C budeme testovat potenciální vzájemné interakce transpozonů a jejich příspěvek k organizaci interfázního jádra. Naše výsledky přispějí k pochopení struktury, funkce a evoluce transpozonů. Porozumění jejich regulaci umožní ovlivňovat jejich aktivitu, což poskytne možnost zvýšení genetické variability, tolik potřebné při šlechtění plodin.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 5
2024
-
Detection and classification of long terminal repeat sequences in plant LTR-retrotransposons and their analysis using explainable machine learning
BIODATA MINING, rok: 2024, ročník: 17, vydání: 1, DOI
2023
-
Alternatives to classical HiC data analysis
Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), rok: 2023
-
ITAT’23: Information technologies – Applications and Theory, September 22–26, 2023, Tatranské Matliare, Slovakia
Rok: 2023, druh: Uspořádání workshopu
-
TE-greedy-nester: a tool for reconstruction of transposable elements in plant genomes
Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), rok: 2023
2022
-
HiC-TE: a computational pipeline for Hi-C data analysis to study the role of repeat family interactions in the genome 3D organization
BIOINFORMATICS, rok: 2022, ročník: 38, vydání: 16, DOI