Informace o projektu
Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map
- Kód projektu
- GA19-16857S
- Období řešení
- 1/2019 - 12/2021
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Ústav výpočetní techniky
- Klíčová slova
- molekulární mechanika;silové pole;vývoj ligandů;simulace molekulové dynamiky;metadynamika
- Spolupracující organizace
-
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
Simulace molekulové dynamiky má značné možnosti uplatnění při vývoji léčiv a v dalších aplikovaných oborech. Komplikací pro rutinní využívání této metody je její výpočetní náročnost a nedostatečná přesnost molekulárně mechanických potenciálů, zvláště pak pro obecné organické molekuly, mezi nimiž jsou hledána nová léčiva. Pro zpřesnění těchto potenciálů navrhujeme přístup, který je inspirován výsledky, které jsme získali při vývoji nových simulačních technik. Přístup zahrnuje výběr referenčních konformací molekuly, přesný výpočet jejich energií a korekci molekulárně mechanického potenciálu s použitím těchto referenčních konformací. Celý postup je možné automatizovat a tak získat zpřesněné molekulárně mechanické potenciály pro velký počet molekul.
Publikace
Počet publikací: 3
2022
-
Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
Journal of Chemical Information and Modeling, rok: 2022, ročník: 62, vydání: 3, DOI
2021
-
Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
Proc. ESM 2021, rok: 2021
2020
-
Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
MODELLING AND SIMULATION 2020, rok: 2020