Informace o projektu
Specifické iontové efekty pro proteiny v roztocích a podobné biologicky relevantní systémy

Kód projektu

GA203/08/0114

Období řešení

1/2008 - 12/2012

Investor / Programový rámec / typ projektu

Grantová agentura ČR

Standardní projekty

Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova

ionty solí, enzymatické reakce, membrány, molekulová dynamika, fluorescenční spektroskopie

Spolupracující organizace

Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.

Odpovědná osoba doc. Martin Hof, Dr.

Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.

Odpovědná osoba Doc. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc.

Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích

Odpovědná osoba Doc. RNDr. Rüdiger Ettrich, Ph.D.

Mechanismus hydratace iontů a interakce iontů s biomolekulami hrají důležitou roli v mnoha přírodních a biotechnologických procesech. V rámci tohoto projektu plánujeme kombinovat výpočetní a experimentální nástroje s cílem dojít k základnímu porozumění těchto interakcí na molekulové úrovni. Soustředíme se na iontově specifické interakce s proteiny ve vodných a nevodných roztocích a na lipidových membránách. Pečlivě naplánované simulace molekulové dynamiky a expeerimenty nám vposledu dovolí formulovat obecná pravidla, řídící interakce biologicky relevantních iontů se solvatovanými proteiny a membránami, a racionalizovat iontové efekty na aktivitu enzymů.

Publikace

Počet publikací: 37

2014

Retro operation on the Trp-cage miniprotein sequence produces an unstructured molecule capable of folding similar to the original only upon 2,2,2-trifluoroethanol addition

VYMETAL Jiří BATHULA Sreenivas Reddy ČERNÝ Jiří CHALOUPKOVÁ Radka ŽÍDEK Lukáš SKLENÁŘ Vladimír VONDRÁŠEK Jiří

Článek v odborném periodiku

PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION, rok: 2014, ročník: 27, vydání: 12, DOI

2013

Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel

KOUDELÁKOVÁ Táňa CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan PROKOP Zbyněk ŠEBESTOVÁ Eva HESSELER M. KHABIRI M. PLEVAKA M. KULIK D. KUTA SMATANOVA I. REZACOVA P. ETTRICH R. BORNSCHEUER U.T. DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

Angewandte Chemie International Edition, rok: 2013, ročník: 52, vydání: 7, DOI
Expansion of Access Tunnels and Active-Site Cavities Influence Activity of Haloalkane Dehalogenases in Organic Cosolvents.

ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika KHABIRI M. BREZOVSKÝ Jan PAVELKA Antonín SYKORA J. AMARO M. MINOFAR B. PROKOP Zbyněk HOF M. ETTRICH R. CHALOUPKOVÁ Radka DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

ChemBioChem, rok: 2013, ročník: 14, vydání: 7, DOI
Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications

KOUDELÁKOVÁ Táňa BIDMANOVÁ Šárka DVOŘÁK Pavel PAVELKA Antonín CHALOUPKOVÁ Radka PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

Článek v odborném periodiku

Biotechnology Journal, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 1, DOI
Interaction of Organic Solvents with Protein Structures at Protein-Solvent Interface

KHABIRI M. MINOFAR B. BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří ETTRICH R.

Článek v odborném periodiku

Journal of Molecular Modeling, rok: 2013, ročník: 19, vydání: 11, DOI
Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil

NIHARIKA Neha MOSKALÍKOVÁ Hana KAUR Jasvinder SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
Organic Co-solvents Affect Activity, Stability and Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases

ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika DAMBORSKÝ Jiří CHALOUPKOVÁ Radka

Článek v odborném periodiku

Biotechnology Journal, rok: 2013, ročník: 8, vydání: 6, DOI
Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

KAUR Jasvinder MOSKALÍKOVÁ Hana NIHARIKA Neha SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI
Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site

NIHARIKA Neha MOSKALÍKOVÁ Hana KAUR Jasvinder KHAN Fazlurrahman SEDLÁČKOVÁ Miroslava HAMPL Aleš DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk LAL Rup

Článek v odborném periodiku

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, rok: 2013, ročník: 63, vydání: Part 2, DOI

2011

Computer-Assisted Enzyme Engineering by Modification of Tunnels, Channels and Gates.

GORA Artur Wiktor BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří

Další prezentace na konferencích

Rok: 2011, druh: Další prezentace na konferencích