Informace o projektu
Vizualice proteinových struktur
- Kód projektu
- GA201/07/0927
- Období řešení
- 1/2007 - 12/2009
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Další fakulta/pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- virtuální realita, vizualizace proteinu, interakční techniky, molekulová dynamika
Projekt je zaměřen na výzkum metod pro vizualizaci proteinů. Pomocí metod počítačové geometrie jsou analyzovány prostorové vztahy v proteinových strukturách a vyhledávány tunely, které mají výrazný vliv na reaktivní schopnosti proteinu. Pro analýzu rozsáhlých proteinů jsou využity 3D Voroného diagramy. Je řešena identifikace významných tunelů a jejich vývoj v časovém intervalu. Projekt také řeší nové metody vizualizace pomocí prostředků virtuální reality, které zviditelní detaily analýzy proteinu. Pro proteiny s vysokou složitostí bude vyvinuta metoda významem řízené vizualizace.
Další část projektu se zaměří na interaktivní modifikaci proteinové struktury ve zvolených oblastech tunelů pomocí výměny reziduí a jejich rotamerů. Zde budou aplikovány metody počítačové geometrie spolu s kombinatorickými přístupy. Současně bude nutné řešit problematiku detekce kolizí mezi atomickými strukturami. Kromě základního výzkumu bude výsledkem projektu interaktivní aplikace pro proteinové inženýrství.
Publikace
Počet publikací: 23
2009
-
HotSpot Wizard: a Web Server for Identification of Hot Spots in Protein Engineering.
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 37
-
Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations.
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 00
-
Quantitative Analyses of Substrate Specifity of Haloalkane Dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Redesigning Dehalogenase Access Tunnels as a Strategy for Degrading an Anthropogenic Substrate.
NATURE CHEMICAL BIOLOGY, rok: 2009, ročník: 0000, vydání: 5
-
Studium dynamiky molekul vody v ústí tunelu haloalkándehalogenáz
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
Study of water molecule dynamics at the tunnel openings of haloalkane dehalogenase
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
2008
-
CAVER 2.0
Rok: 2008
-
Computation of more channels in protein molecules
Proceedings of Visual Computing for Biomedicine, rok: 2008
-
Fast Method for Computation of Channels in Dynamic Proteins
Vision, Modeling and Visualization 2008, Proceedings, rok: 2008
-
HOTSPOT WIZARD 1.0
Rok: 2008