Informace o projektu
Včasná diagnostika leukémií užitím technologie DNA-mikročipů a sledováním epigenetických změn
- Kód projektu
- GP301/04/P136
- Období řešení
- 1/2004 - 12/2006
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Postdoktorské projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- DNA-mikročipy, leukémie, epigenetická regulace, struktura chromatinu
Pomocí technologie DNA-mikročipů budou stanoveny expresní mapy v buňkách kostní dřeně či imobilizované krve pacientů s různými typy leukémií, v různých stadiích vývoje a porovnány s daty získanými z buněk nepostižených kancerogenezí. Rozdíly zjištěné porovnáním expresních map ve zdravých a nádorových buňkách v různém stupni progrese a diferenciace nám umožní identifikovat primární, již známé, ale i nové geny, jejichž chybná funkce přispívá k rozvinutí choroby. Dále by mělo být zjištěno, jak se změna aktivity těchto genů odráží v aktivitě dalších známých a i neznámých genů a jaká je lokalizace těchto genů na odpovídajících chromosomech. Pro korelování míry exprese a epigenetických změn bude použita FISH a cytometrie s vysokým rozlišením. Strukturálním-epigenetickým- studiím budou podrobeny chromosomy s pozměněnou mírou exprese. Změny ve struktuře chromatinu buněk pacientů s leukémií v různých stadiích onemocnění oproti kancerogenezí nepostiženým buňkám budou porovnány se změnami exprese.
Výsledky
Projekt přispěje k celosvětovému úsilí o vyřešení problému karcinogeneze.
Publikace
Počet publikací: 13
2007
-
New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
Genomics, rok: 2007, ročník: 89, vydání: 1
2006
-
Evaluation of CD34+ - and Lin- -selected cells from peripheral blood stem cell grafts of patients with lymphoma during differentiation in culture ex vivo using a cDNA microarray technique
Experimental hematology, rok: 2006, ročník: 34, vydání: 7
-
Transcription density map as a new tool for evaluation of various expression profiles: Ex vivo differentiation of CD34+ cells
Rok: 2006, druh: Konferenční abstrakty
-
Vybrané aplikace technologie cDNA microarrays v onkologickém výzkumu
Klinická onkologie, rok: 2006, ročník: 19, vydání: 2
2005
-
Analýza obrazů získaných snímáním microarrays
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Aplikace FDR a FWER testovacích procedur na data ze studie kolorektálního karcinomu
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Combination of cDNA microarray technology and fluorescence leads to better understanding of relationships between gene expression and epigenetic regulation
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Důkaz klastrování genů na chromosomových doménách studiem diferenciací buněčných nádorových linií
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
New practical tools for microarray data analysis
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty
-
Normalizační metody ve zpracování dat z DNA Microarrays
Rok: 2005, druh: Konferenční abstrakty