Ing. Tomáš Trnka, Ph.D.
odborný asistent – Národní centrum pro výzkum biomolekul
Publikace
Počet publikací: 15
2023
-
Efficient pipe interface between the Amsterdam Modeling Suite and external software
Rok: 2023, druh: Další prezentace na konferencích
2018
-
Automated Training of ReaxFF Reactive Force Fields for Energetics of Enzymatic Reactions
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2018, ročník: 14, vydání: 1, DOI
2017
-
Different QM/MM approaches to study enzymatic reactions: ppGalNAcT2 glycosyltransferase
Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty
2016
-
Bridging the Gap between QM and MM with ReaxFF: Towards Accurate Reactive Molecular Dynamics of Enzymes
Rok: 2016, druh: Další prezentace na konferencích
-
Different QM/MM Approaches To Elucidate Enzymatic Reactions: Case Study on ppGalNAcT2
Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 12, DOI
2015
-
Catalytic Mechanism of the ppGalNAcT2 Retaining Glycosyltransferase Inferred From QM/MM Calculations
Rok: 2015, druh: Další prezentace na konferencích
-
Stepwise Catalytic Mechanism via Short-Lived Intermediate Inferred from Combined QM/MM MERP and PES Calculations on Retaining Glycosyltransferase ppGalNAcT2
PLoS Computational Biology, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 4, DOI
-
Towards Fast and Accurate Reactive Molecular Dynamics of Enzymes
Rok: 2015, druh: Další prezentace na konferencích
2014
-
Catalytic Mechanism of the ppGalNAcT2 Retaining Glycosyltransferase Inferred From QM/MM Calculations
Rok: 2014, druh: Další prezentace na konferencích
-
Combined QM/MM MERP and PES calculations on retaining glycosyltransferase ppGalNAcT2
Rok: 2014, druh: Konferenční abstrakty