prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2013

• Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-turns, Loops, and Tetraloops

  KREPL Miroslav RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 18, DOI

• Computer Folding of RNA Tetraloops? Are We There Yet?

  KUHROVA Petra BANÁŠ Pavel BEST Robert B ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2013, ročník: 9, vydání: 4, DOI

• Conformational dynamics of the human propeller telomeric DNA quadruplex on a microsecond time scale

  ISLAM Barira SGOBBA Miriam LAUGHTON Charlie OROZCO Modesto ŠPONER Jiří NEIDLE Stephen HAIDER Shozeb

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2013, ročník: 41, vydání: 4, DOI

• Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study

  KREPL Miroslav OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 6, DOI

• How to understand quantum chemical computations on DNA and RNA systems? A practical guide for non-specialists

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt BANÁŠ Pavel JURECKA Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Methods, rok: 2013, ročník: 64, vydání: 1, DOI

• Isosteric and Nonisosteric Base Pairs in RNA Motifs: Molecular Dynamics and Bioinformatics Study of the Sarcin-Ricin Internal Loop

  HAVRILA Marek RÉBLOVÁ Kamila ZIRBEL C. LEONTIS Neocles B. ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 46, DOI

• Nature and Magnitude of Aromatic Base Stacking in DNA and RNA: Quantum Chemistry, Molecular Mechanics, and Experiment

  ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit MLÁDEK Arnošt JURECKA Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2013, ročník: 99, vydání: 12, DOI

• Photochemistry of 2-Aminooxazole, a Hypothetical Prebiotic Precursor of RNA Nucleotides

  SZABLA Rafal Kazimierz TUNA Deniz GORA Robert W ŠPONER Jiří SOBOLEWSKI Andrzej L DOMCKE Wolfgang

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry Letters, rok: 2013, ročník: 4, vydání: 16, DOI

• Relative Stability of Different DNA Guanine Quadruplex Stem Topologies Derived Using Large-Scale Quantum-Chemical Computations

  ŠPONER Jiří MLÁDEK Arnošt ŠPAČKOVÁ Naděžda CANG Xiaohui H. CHEATHAM Thomas E. GRIMME Stefan

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2013, ročník: 135, vydání: 26, DOI

• Ribozyme Activity of RNA Nonenzymatically Polymerized from 3 ',5 '-Cyclic GMP

  PINO Samanta COSTANZO Giovanna GIORGI Alessandra ŠPONER Jiří ŠPONEROVÁ Judit DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Entropy, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 12, DOI