doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.

2019

• Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock

  RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar VÁVRA Ondřej FILIPOVIČ Jiří ŠTOURAČ Jan BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  FRONTIERS IN CHEMISTRY, rok: 2019, ročník: 7, vydání: OCT 29 2019, DOI

• Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor

  SCHENKMAYEROVA A. PINTO G. MAREK Martin TOUL Martin HERNYCHOVÁ Lenka LIŠKOVÁ Veronika EMOND S. BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk CHALOUPKOVÁ Radka HOLLFELDER F. BORNSCHEUER U.T.

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2019, druh: Konferenční abstrakty

• Structural Biology and Protein Engineering of Thrombolytics

  MIČAN Jan TOUL Martin BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biology Journal, rok: 2019, ročník: 17, vydání: 2019, DOI

2018

• CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

  MAZURENKO Stanislav ŠTOURAČ Jan KUNKA Antonín NEDELJKOVIC S. BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

• CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories

  JURČÍK Adam BEDNÁŘ David BYŠKA Jan MARQUES Sérgio Manuel FURMANOVÁ Katarína DANIEL Lukáš KOKKONEN Piia Pauliina BREZOVSKÝ Jan STRNAD Ondřej ŠTOURAČ Jan PAVELKA Antonín MANAK Martin DAMBORSKÝ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2018, ročník: 34, vydání: 20, DOI

• Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation

  MIČAN Jan BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty

• Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2

  DVOŘÁK Pavel BEDNÁŘ David VAŇÁČEK Pavel BÁLEK Lukáš EISELLEOVÁ Lívia ŠTĚPÁNKOVÁ Veronika ŠEBESTOVÁ Eva BOSÁKOVÁ Michaela KONEČNÁ Žaneta MAZURENKO Stanislav KUNKA Antonín VÁŇOVÁ Tereza ZOUFALOVÁ Karolína CHALOUPKOVÁ Radka BREZOVSKÝ Jan KREJČÍ Pavel PROKOP Zbyněk DVOŘÁK Petr DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Biotechnology and Bioengineering, rok: 2018, ročník: 115, vydání: 4, DOI

• Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site

  KOKKONEN Piia Pauliina BEDNÁŘ David DOČKALOVÁ Veronika PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Biological Chemistry, rok: 2018, ročník: 293, vydání: 29, DOI

• Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy

  PROKOP Zbyněk GHOSE A. KOKKONEN Piia Pauliina SYKORA J. BEDNÁŘ David AMARO M. NEVOLOVÁ Šárka HOF M. DAMBORSKÝ Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty

• Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

  BEERENS Koen MAZURENKO Stanislav KUNKA Antonín MARQUES Sérgio Manuel HANSEN N. MUSIL Miloš CHALOUPKOVÁ Radka WATERMAN Jitka BREZOVSKÝ Jan BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2018, ročník: 8, vydání: 10, DOI