Jan Oppelt

V St. Anna Children’s Cancer Research Institute (St. Anna CCRI) ve Vídni vedete bioinformatickou centrální skupinu. Jak se člověk z Brna dostane na takovou pozici?

Moje cesta byla trochu delší. Po doktorátu jsem se chtěl více zaměřit na samostatný výzkum a odjel jsem na čtyři roky na postdoc do USA. Z osobních důvodů jsem se poté chtěl vrátit někde blíže „k domovu“.

Moje první pozice po návratu byla ve softwarové firmě, kde jsem se pořád věnoval bioinformatice, ale zaměřil jsem se více na psaní softwaru a méně na výzkum. Po nějaké době jsem si ale uvědomil, že postrádám motivaci k tomu tam každý den chodit.

Osobně potřebuji vidět, že moje práce má smysl, že její výsledky budou někomu pomáhat a že mými schopnostmi přispívám na zlepšení společnosti a má to přímý dopad. To se mi na dané pozici nepodařilo najít, takže jsem hledal něco nového.

Když se objevila pozice v bioinformatické centrální skupině na St. Anna CCRI, byla to pro mě jasná volba.

Jak byste laicky popsal praktické výstupy vaší práce?

Pomáháme výzkumníkům i klinikům pochopit genetické pozadí různých typů rakovin. Náš institut se hodně zaměřuje na vzácné typy rakovin, takže na cokoliv přijdeme, sdílíme s partnerskými instituty a nemocnicemi po celém světě.

Cíl je pomoci dětským pacientům, kteří nemají to „štěstí“, že mají široce rozšířený typ rakoviny, na který se zaměřují farmaceutické firmy. Obecně je to u dětí více problematické, protože se rakoviny chovají jinak než u dospělých, a hlavně postupují rychleji. Musíte mít tedy odborníky z několika směrů s hodně zkušenostmi a umět provést diagnostiku velice rychle.

Když se nám podaří identifikovat mutaci, signální dráhu, nebo celkový mechanismus, který je důležitý pro konkrétní typ rakoviny, může to vést k lepší diagnostice nebo k nalezení vhodné cílené léčby.

U vzácných pediatrických rakovin je každý nový poznatek cenný, protože dat je málo a pacientů ještě méně.

Úzce spolupracujeme se St. Anna dětskou nemocnicí, takže naší prací přímo přispíváme i k diagnostice dětských pacientů.

Naše práce není vždy přímo „tady je lék“, ale spíš „tady je směr, kterým má smysl jít“. Máme ale i celou řadu projektů, které kombinují výzkum s diagnostikou a výsledky výzkumu jsou přímo aplikované v diagnostice během krátké doby přímo v nemocnici, která je doslova za rohem.

Vaše role je manažerská i odborná. Jak vypadá váš běžný pracovní den?

Starám se hned o několik věcí zároveň. Asi třetinu svého času věnuji managementu týmu. To znamená například plánování kapacit, směřování týmu, definicí standardních procesů a best practices, mentoring týmu, ale i řešení interpersonálních problémů. Je to tedy jak práce „co se děje dnes“, tak i „co se bude dít za rok“. 

Součástí je i komunikace s vedením, a to oběma směry – ze strany vedení k týmu, tak od týmu k vedení. Musím zkrátka zařídit, aby všichni byli spokojeni. Je to časti i hodně vyjednávání a hledání střední „cesty“ mezi očekáváními všech zúčastněných stran.

V rámci „další“ management části se pak věnuji i obecné organizaci bioinformatiky na úrovni celého institutu. Toto je například plánování výpočetní infrastruktury společně s IT nebo komunikace s vědci a lékaři o jejich potřebách, které pak musím „přeložit“ a synchronizovat s dalšími odděleními.

Komunikace a vysvětlování zabere hodně času. Komunikuji s bioinformatiky, IT, ostatními managery, vedoucími skupin, biology, lékaři, vedením institutu a tak podobně. Každý rozumí svým oborům a můj úkol je mezi nimi vytvořit „most“ a být schopný předat informace z jedné strany těm ostatním tak, aby jim všichni rozuměli.

A čemu se věnujete, když s nikým nemusíte komunikovat?

Zbývající čas věnuji bioinformatickým analýzám, sestavováním pipelines, nebo třeba konzultaci projektů a grantů.

Nemáme vlastní výzkumné projekty, primárně spolupracujeme s výzkumnými skupinami na jejich projektech. Některé spolupráce jsou standardní analýzy, jiné jsou čistě vědecké.

 Věnujeme se třeba ale i vývoji algoritmů. Máme také několik velkých projektů, které jsou jak na úrovni institutu, tak i mezi světovými instituty. Malou částí praktické práce je i administrace výpočetních zdrojů, uživatelských účtů a třeba data management.

Praktická práce byla mojí podmínkou pro přijetí této pozice. Úplně management pozici bych alespoň prozatím nechtěl. Pořád mě totiž baví řešit praktické problémy a zaměstnávat mozek.

Kdyby k vám dnes přišel student a chtěl u vás v týmu pracovat, co by měl umět?

Obor jmenuje bio-informatika, takže člověk musí něco umět jak z biologie, tak z informatiky.

V naší skupině je dobré mít nějaké základy molekulární biologie, genetiky, ale i třeba biologie rakovin a občas i biochemie. Používáme i hodně statistiky.

V informatické části je dobré mít základy programování (Python nebo R), práce s Linuxem, a hlavně ochotu učit se.

Neomezujeme nástroje, které v týmu používáme. Snažíme se tvořit kód na základě určitých best practices hlavně tak, abychom si ho mohli mezi sebou předat a ostatní ho dokázali v rozumně dlouhé době pochopit. Protože pracujeme na velice různorodých projektech, tak všechen kód, který vytvoříme, je úzce specializovaný.

Nejdůležitější je ale mít schopnost pochopit biologický problém a přemýšlet o něm „datově“. Důležité je i vědět, na co a jak se zeptat. Nejde o to znát všechny nástroje nebo detaily – ty se dají naučit. Důležitější je logické myšlení, pečlivost a schopnost komunikovat.

Komunikace je často opomíjená schopnost. Můžete mít nejlepší výsledky na světě, ale pokud je nedokážete komunikovat svým spolupracovníkům se správnou úrovní detailů, tak jsou vám k ničemu.

Vzhledem k různorodosti projektů je u nás ve skupině důležitá i samostatnost a zodpovědnost. Samozřejmě to má ale své limity a je důležité nebát se zeptat.

Výhodou mezinárodního a mezioborového prostředí je i to, že je vždy někde poblíž expert v oboru, který dokáže poradit. Nemá smysl znovu objevovat kolo.

Jaké byly vaše důvody zvolit si před lety studium bioinformatiky?

Vždy jsem měl rád biologii a chtěl jsem se jít věnovat. Když jsem si ale před studiem zjišťoval, jaké bych měl uplatnění jako vystudovaný biolog, vyhlídky nebyly úplně podle mých představ.

Zvažoval jsem také studium medicíny, ale když jsem zjistil, jak je studium náročné a jak dlouho trvá, než se člověk vlastně stane lékařem, upustil jsem od toho.

Hledal jsem tedy něco, kde bych se mohl věnovat studiu biologie, medicíny, ale zároveň měl širší uplatnění na trhu práce. V roce, kdy jsem nastupoval na bakaláře, se náhodou otevřel obor Chemoinformatika a Bioinformatika na MU. Kombinoval přesně věci, které mám rád, a přidal k nim informatiku. Informatika byla právě ta část, která mi teď dovoluje mít širší uplatnění. Takže tenhle obor tedy má ideální průnik, a přitom je praktický.

Co byste poradil dnešním středoškolákům, kteří o bioinformatice uvažují, ale neví, jestli je pro ně obor ten pravý?

Pokud vás baví biologie i informatika a nechcete se vzdát ani jedné, bioinformatika je skvělá volba.

Je to obor, kde je potřeba kombinovat několik odvětví, tvořit hypotézy, vymyslet, jak je řešit a umět najít ve výsledcích tu správnou odpověď. Celý tenhle cyklus ještě žádná AI neumí, a ještě pár let tomu tak bude. Není potřeba být génius ve všech oborech – důležitější je zvědavost a chuť řešit problémy. Zbytek se naučíte časem.

Je to obor, který má veliký přesah a jeho znalost vás může dostat kdekoliv po světě. Nabízí uplatnění jak v akademii, zdravotnictví, tak samozřejmě i v soukromé sféře.